El Confuciornis (y Sapeornis) se diferencian del Archaeopteryx, Rahonavis y Jeholornis por tener los primeros una importante innovación consistente en el acortamiento de la cola y el desarrollo de un Pygostilo mediante la fusión de las últimas vértebras de la cola. Esta modificación del esqueleto de la cola era una ventaja para la navegación en vuelo.
La fúrcula era una barra simple, igual que la del . El esternón era una placa pequeña y simple que podría haber tenido una leve quilla pero que no parecía adecuada para fijar una gran masa muscular. Sin embargo, las escápulas estaban fusionadas a los huesos coracoides y puede ser que hayan formado una base sólida para fijar los músculos de vuelo. Ningún ave moderna posee una estructura comparable. La orientación de la coyuntura glenoide (hombro) era lateral, en vez de en ángulo dorsal como en las aves modernas; esto significa que el Confuciornis era incapaz de levantar sus alas por encima de su espalda. Al igual que el Archaeopteryx, era por lo tanto incapaz del aleteo en sentido ascendente que realizan las aves modernas, pero la forma particular de los huesos de su hombro hacen posible que hubiera utilizado alguna otra técnica.
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